يلتزم قسم الجراحة بالتميز والمعايير العالمية، ويقدم مجموعة واسعة من الخدمات عالية الجودة للمرضى.
يمتلك القسم مجموعة شاملة من الأدوات الجراحية لإجراء الجراحات المفتوحة وجراحات المناظير مجهزة لكافة التخصصات، ويضم القسم جهاز مناظير جراحي ثلاثي الأبعاد يعتبر الوحيد في السودان.
ويحتوي القسم أيضاً على مناظير المعدة والقولون العلاجية والتشحيصية وجهاز موجات الجهاز الهضمي عن طريق المنظار وهذا الجهاز يعد من الأجهزة المعدودة في البلاد .
كما يتمتع القسم بالقدرة على إجراء جميع أنواع الإجراءات الجراحية المتخصصة.
• الخدمات السريرية
يخدم قسم الجراحة المرضى في قطاعات عديدة وهي:
العيادات الخارجية ـ الطوارئ ـ العنابر ـ غرفة العمليات.
ويقدم الاستشارات في مجالات:
الجراحة العامة، جراحة العظام، جراحة العمود الفقري، جراحة المسالك البولية، جراحة الثدي، جراحة القولون، المستقيم، جراحة الكبد، البنكرياس، جراحة الأطفال، جراحة الأوعية الدموية، الجراحة التجميلية، جراحة الأنف والأذن والحنجرة، جراحة العيون وجراحة المخ والأعصاب.
• العيادات الخارجية
يجري بالقسم عيادات يومية لكافة التخصصات صباحية ومسائية تحت إشراف الإستشارى المحدد.
• الطوارئ
يجرى تغطيتها يومياً عن طريق نواب جراحة واختصاصي واستشاري مناوبان أيضاً.
• التنويم
ينوم المرضى حسب لوائح المستشفى من العيادات الخارجية أو الطوارئ تحت إشراف الاستشاري المسؤول، ويقوم بالمتابعة الاستشاري المحدد وطبيب مقيم 24 ساعة.
• غرفة العمليات
وبها 5 غرف للعمليات الكبرى وتجرى العمليات بإشراف مباشر من الاستشاريين في قسم الجراحة.
• نظام تعقيم بمواصفات عالمية
تجرى عمليات الطوارئ على مدار الساعة وحسب الطلب جميع وحدات الأقسام.